Para garantir a legalidade da operação, o protocolo impõe regras rígidas: o benefício fiscal é válido por um prazo máximo de 60 dias, exigindo o retorno obrigatório da mercadoria ao estado de origem. A medida abrange produtores rurais, cooperativas e exportadoras, mas veta qualquer processo de industrialização que altere a natureza do grão, sendo obrigatória a menção expressa do protocolo na nota fiscal de remessa.
Além das regras operacionais, o documento estabelece um regime de cooperação entre os fiscos estaduais, prevendo a troca de informações e a possibilidade de fiscalizações conjuntas para evitar fraudes. O acordo entrou em vigor imediatamente após sua publicação no Diário Oficial da União e pode ser encerrado por qualquer uma das partes mediante aviso prévio de 90 dias.